祖師廟は1769年に創建されました。1833年に地震の遭い、損壞しましたが、すぐに再建されています。また、1895年には進駐してきた日本軍に焼かれましたが、4年後に地元の有志の力で再建されました。
さらに、三回目の再建は台湾光復後です。祖師廟を中国の歴史と文化、寺廟藝術の殿堂にしようと主張する芸術家李梅樹の企画設計にのっとって工事が始まったのが1947年です。洋画の素養もある李梅樹教授の手によって、西洋美術的色彩も感じられる祖師廟は徐々にその全容を整えているのです。
祖師廟は清水祖師を祭っています。その清水祖師の人となりについては、諸説あり、各寺院によって書きようもまちまちです。三峡祖師廟では、次のように紹介されています。
「本名は陳昭應。北宋の開封府の出身。福建省安渓県清水巌に祠が建てられた。公務を退いたあとこの清水巌に隠居していたので、清水祖師と称せられ、安渓人はその祠を祖師廟と呼ぶようになった。」
時代が下って安渓の人たちが台湾に移住してきたとき、三峡を定住地に選び、ここに守護神として清水祖師を祭りました。清水祖師の霊験はあらかたで、以来、三峡の人びとの信仰と社会活動の中心的役割を果たしています。建築、彫刻、絵画、どれをとっても台湾全島の寺廟のお手元となっています。