祖師廟創建於西元1769年，並在西元1833年時因地震損毀而重建。到西元1895年時又慘遭日軍焚毀，四年後（西元1899年）在地方士紳籌畫下二度重建。第三次則在二戰後，由藝術家李梅樹先生主導設計規劃，他主張祖師廟該成為一座融合中國歷史、文化和寺廟藝術的廟宇，同時因其本身的西畫素養，使祖師廟又加入了西洋美術的色彩。廟裡供奉的是清水祖師，其生平眾說紛紜，各廟記載不一，若依三峽祖師廟的說法則是：祖師本名陳昭應，為北宋開封府人，因功受封並在福建省安溪縣清水巖建立祠堂，並隱居於清水巖，故稱清水祖師，安溪人則稱其祠為「祖師廟」。
後來安溪人遷移來臺，為求神佛庇佑，於是帶著清水祖師一同前來，並定居於三峽。由於清水祖師顯赫靈驗，多年來祖師廟一直是三峽信仰與社會活動的重心，其在建築、雕刻、繪畫上的表現，是臺灣廟宇中的經典之作。
整座祖師廟乃是以木為頂、以石為基的建築，採五門三殿式的格局，廟頂層層疊疊，每根脊上都有富麗堂皇的裝飾，廟內則無處不雕、無處不琢。其中最精彩的是廟中的石雕、石刻，不論就技巧與手法分析，都是民間藝術之最，其師傅中不乏已列國寶級之人物。
屋頂和屋簷下方的樑架，可說金碧輝煌、琳琅滿目，尤其是人物的雕刻栩栩如生。廟中全以石材為壁，其圖案都以民間故事或歷史典故為題。龍柱為臺灣廟宇最常見之物，但一廟中頂多二、三對，而祖師廟內全部完工時將有156根之多。廟中柱子依主題可分為雙龍柱、單龍柱、花鳥柱及有對聯的圓柱，其中以正殿三對最為精緻。此外，柱礎在鼓身的弧面上，則依諧音雕了許多含吉祥意的圖形如 ：螃蟹（甲第）、雙魚 （餘）等。至於龍柱上頭的柱斗，則是刻有希臘柱頭風味的樹葉圖形，顯現了祖師廟中西合璧的特色。銅雕、木雕、石雕是祖師廟最引以為傲，也最特殊之處，大異於一般廟宇的彩繪裝飾，其題材多出自中國民間故事、神話或歷史典故，另外還有許多他處看不到的動物題材。