戰爭和平紀念公園主題館在民國99年（西元2010年）3月29日正式揭牌，本館坐落於北竿戰爭和平紀念園區內，位處大沃山12據點處，天氣晴朗時，遠眺大陸海岸線，相對於對立時代的緊張氣氛，更能與「戰爭和平」主題相異其趣。
該館以「感動‧回憶」為主題，分成：緣起、軍事沿革大事紀、軍用品展示區、軍民生態文化等展區，透過文字及影像，這些關於馬祖長達近半世紀軍管時期，軍方與民間共同走過的歲月，在主題館內歷歷重現，讓參觀民眾遙想當年，戰地居民的蓽路藍縷。
配合戰爭和平紀念公園主題館開幕，馬管處除邀請當年曾在馬祖開鑿坑道的「北海真英雄」們回訪，特於館內播放「戰時回憶─馬祖老影片」。軍管時期，民眾無法持有相機，僅軍方能拍照與攝影，故此時的影像紀錄，顯得彌足珍貴。觀者透過影片，回顧軍民真實生活，更揭開戰地政務下的神秘面紗。
戰爭和平紀念公園，不僅是全台首座以「戰爭與和平」、「感動與回憶」為主題的博物園區，穿梭在昔日據點中，並藉由實體與文史資料的展示，達到全民國防、寓教於樂的效果。
二樓的平台能眺望馬祖海景，不過尚無電梯，輪椅朋友目前無法前往。紀念館設有無障礙廁所及停車位，服務台提供手機充電區、輪椅充電、 語音導覽筆供借用。