馬祖境天后宮位於馬祖村，是島上媽祖的信仰中心，信仰者眾，香火鼎盛。南竿馬祖村居民口耳相傳，當媽祖之父遭逢船難，她便投海救父，卻不幸遭惡浪吞噬，屍身漂至村內澳口，後經居民發現後拾起安葬，民眾為感其孝心，以雕刻鳳紋的石棺厚葬。媽祖生前為善人間，又得地靈之利，於9月初9在此羽化昇天。明朝時，媽祖受封為天妃，清康熙時晉封為天后，也就是天上聖母的別稱，因此供奉媽袓的廟，便命名為天后宮。
早年廟貌陳舊，西元1943年和平救國軍司令張逸舟曾督飭重建，後又經多次整修，現為宮殿式建築，整體莊嚴，並且結合兩岸三地工匠共同完成，雕樑畫棟、精緻堂皇。本廟曾舉辦全縣無數場大型信仰文化活動，並經常與兩岸三地各天后宮往來會香，是馬祖香火最旺的廟宇。
每年媽祖農曆生日時，都會舉辦盛大的慶祝及遶境活動，當晚燈火通明，鞭炮聲不絕於耳，廟會氣氛濃厚。
民國98年（西元2009年）3月，馬祖籍畫家及登山家李小石，帶著媽祖金身爬上喜馬拉雅山，讓祂成為第一尊登上聖母峰的神明。該金身現在正供奉在馬祖境天后宮，供信眾參拜。
若為輪椅朋友，須將車輛開至中間平台上下車，天后宮殿入口處有階梯，僅能在殿外參拜。