雲嘉南濱海國家風景區北門遊客中心是由北門洗滌鹽工廠舊建物群中的西南側倉庫群所改建，外觀仍保留著原工廠山牆斜屋頂造型。
全館佈設由北而南以地理分區概念介紹雲嘉南濱海國家風景區的景點，並整合區內「鹽業歷史」、「溼地生態」、「宗教人文」、「地方產業」與「文學藝術」等觀光資源，規劃主題區介紹與多媒體互動區。
館內除了有簡報室可欣賞觀光資源影片，以及各項多媒體展區與遊客互動外，主要有二大展示特色：
◎素人畫家－洪通的藝術展牆：無師自通的北門素人畫家洪通先生，有「東方畢卡索」之稱。其作品畫面流露出靈性與強烈的精神力量、筆觸細膩、紋理形式繁瑣，神秘的文字畫與用色豐富的畫風，至今仍為人所稱道。管理處運用其多元神秘的瑰麗畫作，妝點於遊客中心東側門窗及西側外牆，歡迎您細細欣賞。
◎海翁返北門－抹香鯨標本區：說起這抹香鯨標本與北門的淵源可深了…。民國94年（西元2005年）12月29日北門鄉民發現了這位擱淺於王爺港汕上的巨大訪客（身長約14公尺、重達50公噸的雄性抹香鯨），由於體積與重量過於龐大而就地先行掩埋。民國97年（西元2008年）2月，在臺南縣政府（今臺南市政府）、國立臺灣博物館及專業團隊與熱心的北門鄉親支持下，抹香鯨破土重出，標本製作完成後並於國立臺灣博物館展出，民國98年（西元2009年）移展至臺南縣（今臺南市）蕭壠文化園區，並於當年12月4日運回北門遊客中心，受到北門鄉親熱烈的歡迎。